Применим ли к военнослужащим трудовой кодекс РФ и, если применим, то на что сослаться в суде аргументируя све утверждение?

Cмотрите

ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПОСТАНОВЛЕНИЕ

от 14 февраля 2000 г. N 9

О НЕКОТОРЫХ ВОПРОСАХ ПРИМЕНЕНИЯ

СУДАМИ ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВА О ВОИНСКОЙ ОБЯЗАННОСТИ,

ВОЕННОЙ СЛУЖБЕ И СТАТУСЕ ВОЕННОСЛУЖАЩИХ

6. Существенным нарушением условий контракта со стороны федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, может быть признано такое нарушение, из-за которого военнослужащий лишился возможности осуществлять свои конституционные права, либо нарушение, лишающее военнослужащего или членов его семьи возможности воспользоваться наиболее значимыми для них правами и льготами, предусмотренными законодательством о порядке прохождения военной службы и статусе военнослужащих.

При разрешении жалоб на отказ в расторжении контракта о прохождении военной службы в связи с нарушением его условий со стороны федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, вопрос о том, являются ли допущенные в отношении военнослужащего нарушения условий контракта существенными, должен решаться судом индивидуально по каждому конкретному делу с учетом таких обстоятельств, как семейное и материальное положение военнослужащего, место его военной службы и условия ее прохождения, а также других данных.

Систематическим нарушением условий контракта должны признаваться многократные нарушения предусмотренных законодательством о статусе военнослужащих прав военнослужащего (повторяющиеся более двух раз) в течение непродолжительного времени.

Дальше смотрите Трудовой Кодекс:

Настоящий Кодекс, законы и иные нормативные правовые акты, содержащие нормы трудового права, не распространяются на следующих лиц (если в установленном настоящим Кодексом порядке они одновременно не выступают в качестве работодателей или их представителей):

военнослужащие при исполнении ими обязанностей военной службы;

члены советов директоров (наблюдательных советов) организаций (за исключением лиц, заключивших с данной организацией трудовой договор);

лица, работающие по договорам гражданско-правового характера;

другие лица, если это установлено федеральным законом.

Если Ваши претензии к командованию исчерпываются тем перечнем который Вы привели в запросе, то шансов уволиться по желаемой статье у Вас практически нет