И подскажите - если мы не будем говорить что она приняла гражданство Канады, это поможет при получении паспортов?

Начальник ПС не прав. Вы можете свободно говорить, что у вашей дочери есть канадский (израильский, британский и проч.) паспорт, и возможно не один. Начальник ПС может делать сколько угодно запросов, но при этом не должны нарушаться права вашей дочери (срок оформления паспорта - 10 дней, макс. 30 дней, загранпаспорта - 30 дней по месту регистрации по месту жительства).

"Прописка" (регистрация по месту жительства) не влечет никаких правовых последствий касательно гражданства.

ФЗ "О гражданстве" от 2002 года:

Статья 6. Двойное гражданство

1. Гражданин Российской Федерации, имеющий также иное гражданство, рассматривается Российской Федерацией только как гражданин Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных международным договором Российской Федерации или федеральным законом.

2. Приобретение гражданином Российской Федерации иного гражданства не влечет за собой прекращение гражданства Российской Федерации.

Статья 18. Основания прекращения гражданства Российской Федерации

Гражданство Российской Федерации прекращается:

а) вследствие выхода из гражданства Российской Федерации;

б) по иным основаниям, предусмотренным настоящим Федеральным законом или международным договором Российской Федерации.

Статья 19. Выход из гражданства Российской Федерации

1. Выход из гражданства Российской Федерации лица, проживающего на территории Российской Федерации, осуществляется на основании добровольного волеизъявления такого лица в общем порядке, за исключением случаев, предусмотренных статьей 20 настоящего Федерального закона.

2. Выход из гражданства Российской Федерации лица, проживающего на территории иностранного государства, осуществляется на основании добровольного волеизъявления такого лица в упрощенном порядке, за исключением случаев, предусмотренных статьей 20 настоящего Федерального закона.

3. Выход из гражданства Российской Федерации ребенка, один из родителей которого имеет гражданство Российской Федерации, а другой родитель является иностранным гражданином либо единственный родитель которого является иностранным гражданином, осуществляется в упрощенном порядке по заявлению обоих родителей либо по заявлению единственного родителя.