Проблема в том, что я уже несколько лет выплачиваю ипотечный кредит, но с меня всегда удерживали подоходный налог.

То, что Вы являетесь должником по кредитному договору не является основанием для освобождения Вас от уплаты налога на доходы физических лиц (НДФЛ). Если я правильно понял, Вы приобрели жильё. В таком случае Вы можете воспользоваться имущественным налоговым вычетом в сумме, израсходованной на приобретение жилого дома, квартиры или доли (долей) в них, в размере фактически произведенных расходов, а также в сумме, направленной на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным от кредитных и иных организаций Российской Федерации и фактически израсходованным на приобретение жилого дома, квартиры или доли (долей) в них (подпункт 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ).

Согласно подпункту 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ для получения имущественного налогового вычета в связи с приобретением жилья потребуются следующие документы: договор о приобретении дома, квартиры, доли (долей) в ней или прав на квартиру в строящемся доме, акт о передаче дома, квартиры или документы, подтверждающие право собственности на квартиру, платежные документы, подтверждающие факт уплаты претендующим на вычет лицом (и только им) денежных средств (расписки, квитанции и пр.). Относительно порядка получения вычета есть два варианта:

1) указанные документы вместе с заявлением о предоставлении вычета и налоговой декларацией подаются в налоговый орган по месту жительства до 30 апреля года, следующего за годом приобретения жилья. При наличии указанных документов Вам вернут уплаченную Вами сумму налога, исчисленную с суммы покупки. Возврат будет осуществлён на указанный Вами счёт в банке;

2) другой вариант может быть таким. Вместе с заявлением и налоговой декларацией вышеуказанные документы подаются в налоговый орган по месту жительства (подавать можно сразу, не дожидаясь следующего года). В заявлении указывается о предоставлении вычета по месту работы. Налоговый орган выдает уведомление о подтверждении права на имущественный налоговый вычет. С этим уведомлением следует обратиться к своему работодателю, который на этом основании не будет удерживать налог с Вашей зарплаты до тех пор, пока сумма не удержанного налога не сравняется с суммой налога, исчисленного из суммы вычета.

Общая сумма вычета составляет 1 млн. руб. плюс проценты по целевым займам (кредитам), полученным от кредитных и иных организаций Российской Федерации и фактически израсходованным на приобретение жилья.

В Вашем случае следует поторопиться, т.к. заявление о вычете может быть подано в течение трёх лет со дня окончания года, в котором приобретено жильё.

С уважением,