Военнослужащему начали удерживать 40% зарплаты - допустимо ли это и кто отвечает за начисление?

Добрый день. С военнослужащими все немного труднее, но в Статье 137 ТК РФ - Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

счетной ошибки;

если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.

В вашем случае возможно оспорить действия должностных лиц, при наличии к тому оснований. Необходимо установить основание выплаты и взыскания. Кроме того, вы, как военнослужащий, получаете не заработную плату, а денежное довольствие.