Ответственность за нарушение ПДД на служебной машине - кто платит штраф?

Ответственность несет виновное лицо. Если пришел штраф на юрлицо, то его можно обжаловать

Статья 2.6.1. Административная ответственность собственников (владельцев) транспортных средств

1. К административной ответственности за административные правонарушения в области дорожного движения и административные правонарушения в области благоустройства территории, предусмотренные законами субъектов Российской Федерации, совершенные с использованием транспортных средств, в случае фиксации этих административных правонарушений работающими в автоматическом режиме специальными техническими средствами, имеющими функции фото- и киносъемки, видеозаписи, или средствами фото- и киносъемки, видеозаписи привлекаются собственники (владельцы) транспортных средств.

2. Собственник (владелец) транспортного средства освобождается от административной ответственности, если в ходе рассмотрения жалобы на постановление по делу об административном правонарушении, вынесенное в соответствии с "частью 3 статьи 28.6" настоящего Кодекса, будут подтверждены содержащиеся в ней данные о том, что в момент фиксации административного правонарушения транспортное средство находилось во владении или в пользовании другого лица либо к данному моменту выбыло из его обладания в результате противоправных действий других лиц.