Моя девушка состоит в браке, но на данный момент беременна и проживает не с мужем, а со мной

Согласно ст. 48. СК РФ если ребенок родился от лиц, состоящих в браке между собой, а также в течение трехсот дней с момента расторжения брака, признания его недействительным или с момента смерти супруга матери ребенка, отцом ребенка признается супруг (бывший супруг) матери, если не доказано иное. Отцовство супруга матери ребенка удостоверяется записью об их браке.

В соответствии со ст. 52. СК РФ запись родителей в книге записей рождений, может быть оспорена только в судебном порядке по требованию лица, записанного в качестве отца или матери ребенка, либо лица, фактически являющегося отцом или матерью ребенка, а также самого ребенка по достижении им совершеннолетия, опекуна (попечителя) ребенка, опекуна родителя, признанного судом недееспособным.

Т.е. когда ребенок родится, его фамилия будет определена фамилией родителей. При разных фамилиях родителей ребенку присваивается фамилия отца или фамилия матери по соглашению родителей. Имя ребенку дается по соглашению родителей, отчество присваивается по имени отца (ст. 58 СК РФ).

При отсутствии соглашения между родителями относительно имени и (или) фамилии ребенка возникшие разногласия разрешаются органом опеки и попечительства.

Т.е. если на момент рождения ребенка Ваша девушка будет в браке с другим человеком, ребенку будет присвоена фамилия либо девушки, либо ее супруга, отчество так же будет определено по имени супруга. Все вопросы, связанные с дальнейшим определением отцовства придется решать через суд.