Что грозит начальнику на гос. предприятии если у него работают мёртвые души и он получает за них зарплату?

Вы это прекращайте.. Хотя - дело уже сделано, как я понимаю. Плохо.

Ст. 159 ч.3 УК РФ

"Мошенничество, совершенное лицом с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере, -

наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до двух лет или без такового, либо лишением свободы на срок до шести лет со штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев либо без такового и с ограничением свободы на срок до полутора лет либо без такового."