Как зарегистрировать ребенка под фамилией отца, если невозможно взять двойную фамилию?

Ничего. Это его право. Федеральный закон от 15 ноября 1997 г. N 143-ФЗ "Об актах гражданского состояния" (с изменениями и дополнениями)

Система ГАРАНТ: base.garant.ru

Супруги по своему желанию выбирают при заключении брака фамилию одного из них в качестве общей фамилии, либо каждый из супругов сохраняет свою добрачную фамилию, либо, если иное не предусмотрено законами субъектов Российской Федерации, присоединяет к своей фамилии фамилию другого супруга.

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН от 15.11.1997 N 143-ФЗ

(ред. от 18.07.2006)

"ОБ АКТАХ ГРАЖДАНСКОГО СОСТОЯНИЯ"

(принят ГД ФС РФ 22.10.1997)

Статья 28. Порядок записи фамилий супругов при государственной регистрации заключения брака

1. При государственной регистрации заключения брака супругам в записи акта о заключении брака по выбору супругов записывается общая фамилия супругов или добрачная фамилия каждого из супругов.

2. В качестве общей фамилии супругов может быть записана фамилия одного из супругов или, если иное не предусмотрено законом субъекта Российской Федерации, фамилия, образованная посредством присоединения фамилии жены к фамилии мужа. Общая фамилия супругов может состоять не более чем из двух фамилий, соединенных при написании дефисом.

Можете дать ей фамилию мужа хотя это не ее отец, если вы сами поменяли свою фамилию при вступлении в брак, обратитесь по данному делу в отдел опеки и попечительства, они подготовят соответствующее постановление с которым вы потом пойдете в ЗАГС и поменяете свидетельство о рождении