Есть ли какя-либо возможность защитить себя от произвола руководства?

Трудно в вашем случае дать конкретные правовые советы подкрепленные статьями из законов которые вы будете использовать как конкретное руководство к действию. Тем более заочно. Тем не менее считаю нужным поддержать вас хотя бы морально.

Если Вас захотят уволить за несоответствие занимаемой должности п.3 ст. 81 ТК РФ, то необходимо будет доказать, что вы больны или не имеете достаточной квалификации. Я надеюсь, что вы здоровы чего и в будущем желаю. Доказать вашу низкую квалификацию очень сложно, даже если она действительно недостаточна. Для этого нужно собрать независимую аттестационную комиссию которая в случае вашей низкой оценки поставит под сомнение не только ваш диплом но и вуз который вам его выдал. Сомневаюсь, что они на это пойдут. Подозреваю они могут начать «заваливать» вас работой и стараться «подставить». Здесь, советую держаться и как можно спокойнее воспринимать угрозы в свой адрес, не идите на открытый конфликт, подвергайте юридическому анализу все действия против вас. Читайте трудовой кодекс, обращайтесь к юристам и государственным инспекторам труда. Дежурный инспектор всегда поможет советом. Не сдавайтесь и они от вас отстанут. Все будет по прежнему хорошо. Я знаю несколько таких случаев с благоприятным исходом. Удачи.