Правомерно ли снятие с регистрационного учета предпринимателя, если не возвращена переплата по налогу?

В отношении предпринимателя велась процедура банкротства, был назначен конкурсный управляющий. Решением суда предприниматель признан банкротом и снят с регистрационного учета в качестве предпринимателя в ноябре 2011 года. В мае 2013 года дело о банкротстве прекращено в связи с заключением мирового соглашения. Проводя сверку с налоговой инспекцией по лицевому счету в августе 2013 года бывший предприниматель выясняет, что на его лицевом счете имеется переплата по налогу НДС, НДФЛ. Бывший предприниматель обращается с заявлением в НИ о возврате излишне уплаченного налога, в чем ему отказывают, по причине того, что прошло более трех лет с момента образования переплаты. Через некоторое время сумма переплаты списана со счета бывшего предпринимателя в бюджет. Правомерно ли снятие с регистрационного учета предпринимателя, если не возвращена переплата по налогу? Обязана ли налоговая инспекция ставить в известность о существующей переплате и кого предпринимателя или конкурсного управляющего? Можно ли привлечь конкурсного управляющего за бездействие в отношение возврата налогов на действующий в то время расчетный счет предпринимателя, т.к. все полномочия в тот период находились у него. Есть ли перспективы взыскать эти деньги с налоговой или с конкурсного управляющего? По какому пути идти?