Влияние военной ипотеки на очередь в программе по улучшению жилищных условий в Москве и как лучше поступить

Никак не повлияет, если они останутся на учете, а Вы используете ипотечные средства на покупку квартиры лично для себя, это целевые средства предоставляемые именно военнослужащему. Такая квартира даже не подлежит разделу при разводе, только в части ден. средств совместно добавленных на её улучшение. Но обратите внимание на указанный ниже п. 4 ч. 1 ст. 56 ЖК РФ.

Ч. 1 ст. 56 ЖК РФ, основания снятия с учета.

1. Граждане снимаются с учета в качестве нуждающихся в жилых помещениях в случае:

1) подачи ими по месту учета заявления о снятии с учета;

2) утраты ими оснований, дающих им право на получение жилого помещения по договору социального найма;

3) их выезда на место жительства в другое муниципальное образование, за исключением случаев изменения места жительства в пределах городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга;

4) получения ими в установленном порядке от органа государственной власти или органа местного самоуправления бюджетных средств на приобретение или строительство жилого помещения;

5) предоставления им в установленном порядке от органа государственной власти или органа местного самоуправления земельного участка для строительства жилого дома, за исключением граждан, имеющих трех и более детей;

(в ред. Федерального закона от 05.06.2012 N 55-ФЗ)

6) выявления в представленных документах в орган, осуществляющий принятие на учет, сведений, не соответствующих действительности и послуживших основанием принятия на учет, а также неправомерных действий должностных лиц органа, осуществляющего принятие на учет, при решении вопроса о принятии на учет.