Останется ли квартира в собственности при увольнении с военной службы?

Если это служебная квартира - нет, по следующим основаниям:

ЖИЛИЩНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Статья 93. Назначение служебных жилых помещений

Служебные жилые помещения предназначены для проживания граждан в связи с характером их трудовых отношений с органом государственной власти, органом местного самоуправления, государственным унитарным предприятием, государственным или муниципальным учреждением, в связи с прохождением службы, в связи с назначением на государственную должность Российской Федерации или государственную должность субъекта Российской Федерации либо в связи с избранием на выборные должности в органы государственной власти или органы местного самоуправления.

Статья 103. Выселение граждан из специализированных жилых помещений

2. Не могут быть выселены из служебных жилых помещений и жилых помещений в общежитиях без предоставления других жилых помещений не являющиеся нанимателями жилых помещений по договорам социального найма или членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственниками жилых помещений или членами семьи собственника жилого помещения и состоящие на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях:

1) члены семьи военнослужащих, должностных лиц, сотрудников органов внутренних дел, органов федеральной службы безопасности, таможенных органов Российской Федерации, органов государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, погибших (умерших) или пропавших без вести при исполнении обязанностей военной службы или служебных обязанностей;

3) члены семьи работника, которому было предоставлено служебное жилое помещение или жилое помещение в общежитии и который умер;

4. Выселение граждан из служебных жилых помещений или жилых помещений в общежитиях с предоставлением других жилых помещений в случае, предусмотренном частью 2 статьи 102 настоящего Кодекса, осуществляется прежним собственником или юридическим лицом, передающими соответствующие жилые помещения.