Возможность оспорить взыскание расходов на представителя в суде, работающего в другой организации, входящей в тот же холдинг

Вы можете указывать любые основания, в том числе и указанные Вами в вопросе, однако одно лишь то, что представитель является работником холдинга - ни чего не означает. Представлял интересы другого юрлица, не является сотрудником представляемого, значит его расходы подлежат оплате