Как уменьшить налог при продаже квартиры в собственности менее 3 лет и покупке новой за более высокую сумму?

Тут все зависит еще и того, сколько собственников у вас участвует в продаже и покупки квартиры, если несколько, то расчеты могут заметно изменится.

- При продаже квартиры, находившейся в собственности менее 3 лет, возникает обязанность уплатить НДФЛ. При этом ст. 220 Налогового кодекса предусмотрено право на получение имущественного налогового вычета при продаже такой квартиры в сумме, не превышающей 1000000 руб в целом на один объект.

-Можно уменьшить сумму дохода от продажи квартиры, находившейся в собственности менее 3 лет, на величину расходов на ее приобретение. Но для этого необходимо документальное подтверждение расходов. Продаете за 6000 000 (доход ваш), купили например за 6100 000 (ваш расход), сумма налога 6 000 - 6100=-100 (налог платить не надо, т.к. расходы больше доходов).

-Если вы купите квартиру в одном календарном году, и при этом ни разу не вопользовались правом на имущественный вычет при приобретении недвижимости, то вы можете показать расчет взаимозачетом, т.е. купили за 9000 000 (сумма возврата с налоговой 260 000р. с 2000 000), продали за 6000 000, считаем налог к уплате 6000 000 - 1000 000 (имущественный вычет при продажи)=5000 000 (650 000 сумма налога к уплате), теперь считаем взаимозачет 260 000 (сумма налога к возврату -650 000 (сума налога к уплате) = 390 000 сумма налога к уплате в бюджет. Либо 6000 000 - (например, купили вы эту же квартиру за 6100 000)=-100 000 + 2000 000 (вычет при приобретении)=1900 000 (с этой суммы можете вернуть еще налог).