Как рассчитать размер субсидии для трех семей, прописанных в одной коммунальной квартире?

Нужно стоять на очереди (ст. 51 ЖК РФ). В силу ч. 1 ст. 31 Закона г.Москвы «Об обеспечении права жителей города Москвы на жилые помещения» жители города Москвы, признанные нуждающимися в улучшении жилищных условий или нуждающимися в содействии города Москвы в приобретении жилых помещений в рамках городских жилищных программ, имеют право на основании собственного заявления на предоставление субсидии в соответствии с федеральным законодательством и законодательством города Москвы.

Компенсации расходов на оплату жилых помещений и коммунальных услуг включаются в совокупный доход семьи при расчете субсидий.

При определении прав граждан, проживающих в жилых помещениях любой формы собственности, на субсидии и расчете их размеров применяются региональные стандарты нормативной площади жилого помещения, используемой для расчета субсидий, стоимости жилищно-коммунальных услуг и максимально допустимой доли расходов граждан на оплату жилого помещения и коммунальных услуг в совокупном доходе семьи (п. 6 ст. 159 ЖК РФ)

Порядок определения размера субсидий и порядок их предоставления, перечень прилагаемых к заявлению документов, условия приостановки и прекращения предоставления субсидий, порядок определения состава семьи получателя субсидии и исчисления совокупного дохода такой семьи, а также особенности предоставления субсидий отдельным категориям граждан устанавливаются Правительством Российской Федерации.

См.: Постановление Правительства РФ от 14 декабря 2005 г. N 761 "О предоставлении субсидий на оплату жилого помещения и коммунальных услуг"

Размер субсидии исчисляется помесячно и зависит от размера расходов на оплату жилого помещения и коммунальных услуг, рассчитанных исходя из региональных стандартов стоимости жилищно-коммунальных услуг, региональных стандартов нормативной площади жилого помещения, используемой для расчета субсидий, и из регионального стандарта максимально допустимой доли расходов граждан на оплату жилого помещения и коммунальных услуг в совокупном доходе семьи

Если признаны в порядке ст. 51 ЖК РФ, субсидия расчитывается на всех проживающих в жилом помещении.

Точный размер никто Вам не укажет - всё зависит от обеспеченности жильём всех проживающих (нуждаемость признаётся и при наличии иного жилья, но жилобеспеченность им менее социальной нормы на каждого проживающего, потому и признали нуждающимся в улучшении жилусловий).