И нельзя ли производить зачет по этим выплатам при уплате таможенных пошлин и таможенного сбора?

ещё немного про НДС:

Положительная разница между общей суммой НДС, исчисленного по налогооблагаемым операциям, и суммой налоговых вычетов подлежит возмещению - зачету или возврату. Так сказано в пункте 2 статьи 173 НК РФ. А статья 176 НК РФ определяет способы такого возмещения.

Из этой статьи следует, что порядок возмещения налога на добавленную стоимость из бюджета различен для следующих операций:

- облагаемых по нулевой ставке;

- облагаемых по ставке 10 и 20 процентов.

Возмещение НДС по операциям, облагаемым по нулевой ставке

Сумма налогового вычета по таким операциям подлежит возмещению полностью. Это следует из пункта 2 статьи 173 НК РФ.

Срок, в течение которого налог должен быть возмещен, равен не одному месяцу, как в случае переплаты налога, а трем. Причем налогоплательщик обязан предварительно подать в налоговую инспекцию декларацию по НДС и документы, указанные в статье 165 НК РФ. В течение трех месяцев налоговый орган должен проверить, обоснованно ли применяется ставка 0 процентов, а также налоговые вычеты, и принять решение о возмещении налога либо об отказе (полностью или частично) в возмещении.

Если налоговый орган принял решение об отказе, он обязан дать налогоплательщику мотивированное заключение по этому вопросу, причем не позднее 10 дней после вынесения решения.

Возмещение НДС происходит в виде зачета или возврата. При этом если у вас есть недоимки по налогам или пеням, которые подлежат зачислению в федеральный бюджет, то сначала зачтут их, а уже потом выплатят оставшиеся суммы. Недоимка, которая образовалась после подачи декларации, также подлежит зачету. Причем если недоимка меньше возвращаемой суммы, то пени за просрочку на нее начисляться не будут.

Ух как далека практика от закона