Но дело в том, что я выяснил, что в квартиру дядя уже успел прописаться сам и прописать свою жену.

Уважаемый Сергей!Если наследниками по закону являетесь Вы и Ваш дядя в равных долях(то есть наследование происходит по закону при отсутствии завещания, а Вы наследуете в порядке ст.548 ГК РСФСР 1964г.), то св-во о праве на наследство Вы можете признать недействительным частично.Не забудьте просить суд признать частично недействительной регистрацию права собственности за дядей на квартиру в органе юстиции- Москомрегистрации, а в обеспечение иска наложить арест на квартиру. Если заявите иск об аннулировании регистрации дяди по месту жительства в квартире,то Вам откажут,поскольку как сособственник он имеет право зарегистрироваться в квартире по месту жительства без Вашего желания и согласия.Такую регистрацию можете произвести и Вы после регистрации за Вами права собственности на долю в квартире.А вот для регистрации по месту жительства в квартире тёти-жены дяди Ваше согласие требовалось,поэтому её регистрацию суд аннулирует,её выселит,но поскольку сейчас вся квартира зарегистрирована как собственность дяди, то полагаю,что в состав Вашего иска должно входить ещё и требование о признании права на 1/2 квартиры как за наследником с оплатой госпошлины от стоимости 1/2 квартиры по техпаспорту ПИБ.У таких споров исключительная подсудность-по месту нахождения наследуемой квартиры( ст.119 ГПК РСФСР).