Стою на очередь пл. проекту Молодая Семья, в этот период взяла квартиру в ипотеку, могут ли меня лишить сертификата?

Да, могут

условия:

возраст обоих супругов (или одинокого родителя) не может превышать порога 35 лет на момент получения государственной льготы;

площадь исходного имеющегося жилья при получении квартиры молодой семьей через государственную субсидию на одного члена семьи не может превышать определенного предела. В разных регионах этот показатель отличатся, что соответствует региональным постановлениям. Если такой порог будет превышен на считанные сантиметры, участие в программе окажется невозможным;

у семейной пары должны быть собственные сбережения для оплаты первоначального взноса по ипотеке, которую придется оформлять для вступления в проект, а это минимум 10% от стоимости жилья;

для подтверждения и гарантии платежеспособности у обоих супругов молодой семьи (либо у одного работающего супруга) должно быть постоянное и официальное место работы;

оба супруга в семейной паре обязательно должны быть зарегистрированы по одному адресу. Регистрация в разных жилых помещениях не допустима

Постановление Правительства РФ от 05.05.2014 N 404 "О некоторых вопросах реализации программы "Жилье для российской семьи" в рамках государственной программы Российской Федерации "Обеспечение доступным и комфортным жильем и коммунальными услугами граждан Российской Федерации