Ситуация: сторона предлагает мне свой вариант договора - оферта.

1. Условия договора в таком случае прописываются все-таки в двух документах - текст первоначальной оферты и протокол разногласий. Оба документа должны быть подписаны. И если это произошло, то да, момент подписания протокола (при наличии подписанного сторонами с этой оговоркой о протоколе) является моментом заключения договора.

2. В период длительного отсутствия, как правило, руководитель сам назначает исполняющего его обязанности. Полномочия оговариваются в приказе о назначении и выдаваемой И.О доверенности. В соответствии с этими документами И.О. и действует. К сожалению, доверенности выдавать И.О. затруднительно, согласно ч. 3 ст. 187 доверенность, выдаваемая в порядке передоверия, должна быть нотариально удостоверена.

3. Такое условие договора нельзя назвать ничтожным. Дело в том, что удержание - законный способ обеспечения исполнения обязательств, как Вы сами подчеркнули. А в тексте, приведенном Вами, не оговаривается, что удержание происходит того имущества Арендатора, которое находится именно в арендуемом помещении. И не предусмотрено, что Арендодатель можетсамовольно вскрыть помещение и изъять имущество арендатора.

4. Относительно того, что Арендатор не подписывает акт приемки по указанным основаниям - неизвестно, что прописано в договоре, но в общем случае осуществляется осмотр помещения и выдача соответствующих заключений только в процессе производственной деятельности именно на предмет соответствия ведущейся в этом помещении деятельности. Если деятельность еще не ведется, нет и предмета для дачи заключений. Важно только, чтобы статус помещения был нежилой.

Исходя из контекста нормы ст. 655 ГК РФ, указанное действие квалифицируется как отказ арендатора от исполнения обязательств по приему имущества. Следует сделать вывод, что в остальной части договор действует.