Как использовать материнский капитал при наличии ипотеки и двух детей?

Сразу можно использовать. В соответствии с частью 3 статьи 7 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей", лица, получившие сертификат, могут распоряжаться средствами материнского (семейного) капитала в полном объеме либо по частям по следующим направлениям: 1) улучшение жилищных условий; 2) получение образования ребенком (детьми); 3) формирование накопительной части трудовой пенсии для женщин, перечисленных в пунктах 1 и 2 части 1 статьи 3 настоящего Федерального закона.

В соответствии с ч. 6 ст. 7 указанного Закона заявление о распоряжении может быть подано в любое время по истечении трех лет со дня рождения (усыновления) второго, третьего ребенка или последующих детей, за исключением случая, предусмотренного частью 6.1 настоящей статьи.

Частью 6.1 статьи 7 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ предусмотрено, что заявление о распоряжении может быть подано в любое время со дня рождения (усыновления) второго, третьего ребенка или последующих детей в случае необходимости использования средств (части средств) материнского (семейного) капитала на погашение основного долга и уплаты процентов по кредитам или займам на приобретение (строительство) жилого помещения, включая ипотечные кредиты, предоставленным гражданам по кредитному договору (договору займа), заключенному с организацией, в том числе кредитной организацией.