Во-вторых, если он будет регистрироваться у меня, как мне обезопасить себя?

Согласно пункту 10 "Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, образца бланка и описания паспорта гражданина Российской Федерации" (утв. Постановлением Правительства РФ от 8 июля 1997 г. № 828 -

10. Выдача и замена паспортов производятся территориальными органами Федеральной миграционной службы по месту жительства, по месту пребывания или по месту обращения граждан в порядке, определяемом Министерством внутренних дел Российской Федерации.

Такой порядок определен в Административном Регламенте.

Согласно пункту 13 Административного Регламента ФМС по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене и по исполнению государственной функции..." (утв. Приказом МВД РФ от 28.12.2006 № 1105 -

13. Выдача и замена паспортов производятся подразделениями по месту жительства, месту пребывания или по месту обращения гражданина.

При этом согласно статье 3 Закона РФ от 25 июня 1993 г. № 5242-I "О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации" -

Граждане Российской Федерации обязаны регистрироваться по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации. Регистрация или отсутствие таковой не могут служить основанием ограничения или условием реализации прав и свобод граждан, предусмотренных Конституцией Российской Федерации, законами Российской Федерации, Конституциями и законами республик в составе Российской Федерации.

Таким образом, факт отсутствия регистрации не является основанием для отказа в выдаче или замены паспорта.