Оформление документов при выполнении дополнительных работ по муниципальному контракту

В Вашем случае ни как.

Прежде всего в силу ч. 4.1 ст. 9 Закона N 94-ФЗ цена контракта является твердой и не может изменяться в ходе его исполнения, за исключением строго определенных случаев, предусмотренных п. 2.1 ч. 2 ст. 55, а также ч.ч. 4.2, 6, 6.2-6.4 ст. 9 Закона N 94-ФЗ. Указанной нормой допускается только снижение цены контракта по соглашению сторон цена контракта, но только без изменения предусмотренных контрактом количества товаров, объема работ, услуг и иных условий исполнения контракта.

Из этого также следует, что по общему правилу количество поставляемых товаров (объем выполняемых работ, оказываемых услуг) определяется при заключении контракта, а их оплата осуществляется по цене, установленной государственным контрактом за весь объем.

Судебная практика исходит из того, что соглашение сторон контракта об изменении объема работ будет являться не соответствующей требованиям закона, то есть в соответствии со ст. 168 ГК РФ ничтожной сделкой, не влекущей в силу п. 1 ст. 167 ГК РФ юридических последствий

Вам придется подавать в суд на заказчика(при всем его согласии на оплату и признания доп.работ) по основаниям ст.743 ГК РФ как подрядчик имеющий право требовать оплаты дополнительных работ, даже если их выполнение не согласовано заказчиком.