Перспективы действий в ситуации с спорным недвижимым помещением, приобретенным ООО от ГУП в 1996 году

ООО в 1992 году взяло в аренду у ГУП нежилое помещение. В 1996 году по договору купли-продажи ООО купило это нежилое помещение у ГУП. Договор купли-продажи был зарегистрирован в БТИ, имеется свидетельство. Однако администрация своими приказами в 1996 году передает нежилое помещение на праве оперативного управления Управлению соц. защиты, а в 1997 году составляется акт приема-передачи помещения соц. защите. На основании этого акта в 2004 году в Росреестре уже Соц защита получает свидетельство. Затем администрация передает уже на праве хозяственного ведения спорное помещение правопреемнику соц. защиты. Другому ГУП. В 2012 году был процесс по иску ГУП к ООО об истребовании из чужого незаконного владения. Иск удовлетворен. В 2013 г. были процессы уже по иску ООО к департаменту имущественных отношений о признании права собственности. В удовлетворении иска отказано во всех инстанциях кроме ВС. Основания для отказа - преюдиция по первому иску об истребовании имущества из чужого неаконного владения. Подскажите, пожалуйства, что можно предпринять в данном случае. Думаем обратиться с иском о признании зарегистрированного права отсутствующим? А также как можно обжаловать приказы администрации в данном случае, когда все сроки пропущены.? СПАСИБО!