Правовой статус граждан Израиля в России - вопросы и возможные варианты решений

Я гражданин Израиля. Познакомился с девушкой и приехал в Россию в сентябре 2013, встал на миграционный учет в УФМС, потом решил остаться жить в России. Начал узнавать, в УФМС сказали, что т.к. безвизовый режим с Израилем, в РФ можно находиться 90 дней, затем выехать за пределы страны и въехать обратно, после чего вставать на миграционный учет. Так я и делал в течении года, через каждые 3 месяца я выезжал на пару дней из РФ, по приезду становился на миграционный учет. В сентябре 2014 я выехал в Казахстан и на обратном пути в Россию меня сняли с поезда на границе, сказав что я нарушаю ст. 11 Закона РФ от 01.04.1993 г № 4730-1 О государственной границе РФ, и ст. 6 Закона РФ от 15.08.1996 г № 114-ФЗ О порядке выезда из РФ. Выписали постановление ч.2 ст. 18.1 КоАП РФ. Отправили обратно в Казахстан. Я позвонил в посольство Израиля и в посольство РФ в Казахстане, изложил ситуацию, на что мне ответили, что режим с РФ - безвизовый и я могу спокойно ехать в Россию. Я поехал на машине через границу без каких либо проблем. Когда пришел становиться на миграционный учет я рассказал о ситуации на границе, после чего они подтвердили, что есть закон о пребывании граждан Израиля 90 суток в течении 180 дней и что мне нужно срочно выезжать, иначе они мне поставят запрет на въезд в РФ на 3 года. Я хочу постоянно жить в России. Какие варианты решений здесь могут быть? Есть ли возможность оформить документы на РВП без выезда за пределы РФ? Если всё-таки нужно будет выезжать, то возникнут ли проблемы при выезде? Могут ли возникнуть проблемы при въезде в РФ и с подачей документов на РВП, т.к. прошлый срок пребывания просрочен неоднократно? Спасибо!