По его словам, оставшаяся площадь по госту не проходит, посоветовал идти в суд.Вопрос

Если Вы не уверены в своей правоте и иное не вытекает из ПИСЬМЕННОГО заключения специалиста, как и с чем Вы можете обращаться в суд?

Порядок перепланировки жилого помещения урегулирован Жилищным кодесом:

Статья 26. Основание проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения

1. Переустройство и (или) перепланировка жилого помещения проводятся с соблюдением требований законодательства по согласованию с органом местного самоуправления (далее - орган, осуществляющий согласование) на основании принятого им решения.

2. Для проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения собственник данного помещения или уполномоченное им лицо (далее в настоящей главе - заявитель) в орган, осуществляющий согласование, по месту нахождения переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения представляет:

1) заявление о переустройстве и (или) перепланировке по форме, утвержденной Правительством Российской Федерации...

Ключевым приложением к Заявлению о перепланировке жилого помещения является проект (проектная документация) перепланировки жилого помещения. (См. Постановление Правительства Российской Федерации от 28 апреля 2005 г. N 266)

Резюме. Живите спокойно. Если задумали произвести отчуждение квартиры - уберите перегородку. Иначе БТИ не выдаст Вам справку, необходимую для государственного регистрации перехода права собственности другому лицу.