В какие организации можно обратиться на законном основании в связи с несогласием с некоторыми пунктами в законах?

Обращайтесь в Конституционный суд РФ

согласно статье 125 Конституции:

По запросам Президента Российской Федерации, Совета Федерации или одной пятой его членов, Государственной думы или одной пятой её депутатов, Правительства Российской Федерации, Верховного Суда Российской Федерации, Органов законодательной и исполнительной власти субъектов Российской Федерации разрешает дела о соответствии Конституции Российской Федерации федеральных законов, нормативных актов Президента Российской Федерации, Совета Федерации, Государственной думы, Правительства Российской Федерации, конституций республик, уставов, а также законов и иных нормативных актов субъектов Российской Федерации, изданных по вопросам ведения Российской Федерации и совместного ведения, договоров между органами государственной власти, не вступивших в силу международных договоров Российской Федерации.

Разрешает споры о компетенции между органами государственной власти Российской Федерации и субъектов Российской Федерации.

По жалобам на нарушение конституционных прав и свобод граждан и по запросам судов проверяет конституционность закона, применённого или подлежащего применению в конкретном деле.

По запросу Президента, Государственной думы, Правительства, Совета Федерации, органов законодательной власти субъектов Российской Федерации даёт толкование Конституции Российской Федерации.

По запросу Совета Федерации даёт заключение о соблюдении установленного порядка выдвижения обвинения против Президента Российской Федерации.