Как восстановить сроки наследования накопительной части трудовой пенсии умершего сына, если судья отказал в этом и не признал это наследством?

Надо было заявление в пенсионном органе написать. См. п.12 ст. 9 Федерального закона от 17.12.2001 N 173-ФЗ "О трудовых пенсиях в Российской Федерации"

...12. В случае, если смерть застрахованного лица наступила до назначения ему накопительной части трудовой пенсии по старости или до корректировки размера этой части указанной пенсии с учетом дополнительных пенсионных накоплений, средства, учтенные в специальной части его индивидуального лицевого счета (за исключением средств (части средств) материнского (семейного) капитала, направленных на формирование накопительной части трудовой пенсии, и дохода от их инвестирования), выплачиваются в установленном "порядке" лицам, указанным в "пункте 12 статьи 16" настоящего Федерального закона. При этом застрахованное лицо вправе в любое время посредством подачи соответствующего "заявления" в Пенсионный фонд Российской Федерации определить конкретных лиц из числа указанных в "пункте 12 статьи 16" настоящего Федерального закона или из числа других лиц, которым может быть произведена такая выплата, а также установить, в каких долях следует распределить между ними указанные выше средства. Указанное заявление может быть представлено в форме электронного документа, "порядок" оформления которого определяется Правительством Российской Федерации и который передается с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети Интернет, включая единый портал государственных и муниципальных услуг. При отсутствии указанного заявления средства, учтенные в специальной части индивидуального лицевого счета, подлежащие выплате родственникам застрахованного лица, распределяются между ними в равных долях.