Гор суда и определение ВС РФ.С какого момента считать (не считать) по новому?

Решения судов к вашему делу не относятся.

В соответствии с п.3 ст.75 Конституции РФ, система налогов, взимаемых в федеральный бюджет, и общие принципы налогообложения и сборов в Российской Федерации устанавливаются федеральным законом. Таким образом, вопросы налогообложения не относятся к исключительному ведению субъектов федерации.

Согласно п. 5.ст.76 Конституции РФ, законы и иные нормативные правовые акты субъектов Российской Федерации не могут противоречить федеральным законам, принятым в соответствии с частями первой и второй настоящей статьи (то есть по предметам ведения РФ, и по предметам совместного ведения РФ и субъектов федерации). В случае противоречия между федеральным законом и иным актом, изданным в Российской Федерации, действует федеральный закон.

Существенно, что федеральный закон действует непосредственно и не требует подтверждения судом. Субъекты федерации не могут приостанавливать или отменять действие федеральных законов на своей территории путем издания собственного закона (исключением является закон, изданный по предмету ведения субъекта федерации- п.6 ст.76 Конституции РФ).

Таким образом, Закон СПБ, изменяющий понятие дохода при упрощенной системе учета и налогообложения для субъектов малого предпринимательства, принят с превышением полномочий и недействителен с момента его принятия. Соответствующие пункты этого закона подлежат игнорированию налогоплательщиками и налоговыми органами, независимо от того, какие решения и когда приняты судами.

Соответственно, вашим доходом является выручка от продаж и внереализационные доходы, а не торговая наценка. Учетная цена товаров включается в состав расходов.

Если вами превышена предельная величина дохода, и вы утратили право на применение УСУН, то придется восстановить учет с упрощенного на общеустановленный и пересчитать налоговые обязательства. Ссылка на незаконные акты питерских законодателей не является оправданием ваших собственных нарушений, выразившихся в неисполнении требований федерального закона.