Как правильно перейти на УСН при наличии обособленного подразделения в будущем?

Здравствуйте! Если у фирмы есть филиалы и представительства, то она не вправе применять УСН. Однако если есть обособленное подразделение, не указанное в качестве такового в учредительных документах, то применять УСН организация может. Мы писали об этом здесь.

Применяя УСН, организации ведут единый налоговый учет доходов и расходов независимо от того, где они были получены или произведены: в головной организации или же в подразделении.

Глава 26.2 НК РФ не содержит никаких специальных указаний насчет организаций с обособленными подразделениями. А раз так, то налоговую декларацию, заполненную по данным КУДиР, представляют исключительно по месту нахождения головной организации (п.1 ст. 346.23 НК РФ). Там же и налог уплачивают.

Если налогоплательщик УСН создал филиал или представительство, он автоматически утрачивает право на применение спецрежима с начала того квартала, в котором данный филиал или представительство было создано (п. 4 статьи 346.13 НК).

Вам проще на магазин отдельно зарегистрировать ИП или ООО согласно ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей".

Или не указывайте филиал, представительство в уставе ООО (НК РФ разрешает не отражать создание обособленного подразделения), но тогда будьте готовы к судебным разборкам.