Правы ли были работники налоговой службы отказав в возврате денег?

Неправы, судя по тексту вопроса. Налоговый вычет предоставляется и родителям.

НК РФ.

"Статья 219. Социальные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих социальных налоговых вычетов:

2) в сумме, уплаченной налогоплательщиком в налоговом периоде за свое обучение в образовательных учреждениях, - в размере фактически произведенных расходов на обучение с учетом ограничения, установленного пунктом 2 настоящей статьи, а также в сумме, уплаченной налогоплательщиком-родителем за обучение своих детей в возрасте до 24 лет, налогоплательщиком-опекуном (налогоплательщиком-попечителем) за обучение своих подопечных в возрасте до 18 лет по очной форме обучения в образовательных учреждениях, - в размере фактически произведенных расходов на это обучение, но не более 50 000 рублей на каждого ребенка в общей сумме на обоих родителей (опекуна или попечителя).

Право на получение указанного социального налогового вычета распространяется на налогоплательщиков, осуществлявших обязанности опекуна или попечителя над гражданами, бывшими их подопечными, после прекращения опеки или попечительства в случаях оплаты налогоплательщиками обучения указанных граждан в возрасте до 24 лет по очной форме обучения в образовательных учреждениях.

Указанный социальный налоговый вычет предоставляется при наличии у образовательного учреждения соответствующей лицензии или иного документа, который подтверждает статус учебного заведения, а также представлении налогоплательщиком документов, подтверждающих его фактические расходы за обучение.

Социальный налоговый вычет предоставляется за период обучения указанных лиц в учебном заведении, включая академический отпуск, оформленный в установленном порядке в процессе обучения.

Социальный налоговый вычет не применяется в случае, если оплата расходов на обучение производится за счет средств материнского (семейного) капитала, направляемых для обеспечения реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей".