Как лучше сделать, если я хочу взять квартиру по ипотеке, а эта комната и будет являться первоначальным взносом.

Если отец согласен, то он может отказаться от участия в приватизации, дав согласие на приватизацию комнаты Вами единолично. Отказ должен быть удостоверен нотариально или подан отцом лично в агентство по приватизации. Приватизированная комната даже в период состояния в браке является Вашей единоличной собственностью и к нажитому в браке имуществу не относится (ст.36 СК РФ). Если хотите, чтобы при разделе имущества, а именно купленной в браке квартиры, Ваша доля была больше, чем доля супруги, то необходимо заключить об этом с ней у нотариуса брачный контракт (ст. ст.40-42 СК РФ). В противном случае продажа комнаты должна происходить с одновременной покупкой квартиры и безналичной формой расчётов, чтобы иметь письменные доказательства внесения при покупке денег от продажи комнаты, что может не устроить продавца квартиры. При разделе имущества делится поровну не только имущество, но и долги, оставшиеся не выплаченными к моменту раздела и сделанные в общесемейных интересах на покупку квартиры (ст. ст.34, 38, 39 СК РФ). Таким образом, если жена будет претендовать на половину купленной в браке на совместные средства доли квартиры, то должна будет выплатить Вам половину оставшихся невыплаченными сумм по ипотечному кредиту.