Если я незнаю где он находиться.

Выписать отца из свидетельства Вы не сможете. Можно лишить его родительских прав, но в судебном порядке. Иск можно заявлять по последнему известному месту его жительства. Споры о лишении родительских прав очень сложны, к ним надо тщательно готовиться, поэтому рекомендовал бы Вам хотя бы получить хорошую личную консультацию у юриста (адвоката).