Отказ в замене паспорта - сложности с подтверждением гражданства РФ при обращении в паспортный стол

При обращении в паспортный стол для замены паспорта гражданина РФ, по достижении 45 лет, мне было отказано, т.к меня не оказалось в базе данных лиц, имеющих гражданство РФ. Я проживаю в России постоянно с 2000 года, переехал из Казахтана. В России имею собственность. Казахское гражданство не принимал. В русском консульстве Республики Казахстан получил гражданство РФ, но справка об этом в данное время не подтверждается, хотя в 2003 году на основании этой справки мне выдан паспорт гражданина РФ и на тот момент никаких вопросов у работников паспортного стола не возникало. Теперь решением суда моя регистрация по месту жительства признана незаконной и мне предложено получать разрешение на временное проживание, временную регистрацию и только потом получать гражданство РФ.Прошу помочь в разрешении сложившийся ситуации. Можно ли в судебном порядке признать мое гражданство и заменить паспорт?