Возврат предоплаты за конференцию в Крыму - как правильно восстановить отношения с контрагентом?

Лучше заключить новый договор (ст. 421, 779 ГК РФ). В соответствии с п.2 ст.1, п.1 ст.420, п.п.1, 4 ст.421, п.3 ст.423 ГК РФ договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении гражданских прав и обязанностей. Граждане и юридические лица свободны в заключении договора и в установлении своих прав и обязанностей по нему. Условия договора определяются по усмотрению сторон, при условии их непротиворечия законодательству, а также, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом, иным правовым актом.

Заключите соглашение о новации.

Статья 414 ГК РФ. Прекращение обязательства новацией

1. Обязательство прекращается соглашением сторон о замене первоначального обязательства, существовавшего между ними, другим обязательством между теми же лицами, предусматривающим иной предмет или способ исполнения (новация).

ст. 421, 779 ГК РФ заключить новый договор,

т.к. ранее Вы заключали с предприятием другого государства .

Ранее внесенные деньги по предыдущему договору , лучше не засчитывать в договоре , а оформить как возврат и внесение по кассе , т.к. договор новый и к старому ни какого отношения не имеет

В новом договоре аренды помещения дома отдыха указываете в "порядке расчётов" Вашу оплату по предыдущему договору от 2013 года.

Ст. 414 ГК РФ применяется:

"Обязательство прекращается соглашением сторон о замене первоначального обязательства, существовавшего между ними, другим обязательством между теми же лицами, предусматривающим иной предмет или способ исполнения (новация).

3. Новация прекращает дополнительные обязательства, связанные с первоначальным, если иное не предусмотрено соглашением сторон."

Больше ничего не нужно.

А как учесть предоплату по предыдущему договору?