Организация А не вернула протокол разногласий - можно ли считать договор заключенным в нашей редакции?

Нет договор не считается заключенным, ст. 443 ГК РФ -

Ответ о согласии заключить договор на иных условиях, чем предложено в оферте, не является акцептом.

Такой ответ признается отказом от акцепта и в то же время новой офертой.

Соответственно на Вашу новую оферту ответа не постпило, а молчание не считается акцептом, ст. 438 ГК РФ -

1. Акцептом признается ответ лица, которому адресована оферта, о ее принятии.

Акцепт должен быть полным и безоговорочным.

------------------------------------------------------------------

КонсультантПлюс: примечание.

О случаях, когда молчание является акцептом см. также пункт 4 статьи 468, пункт 2 статьи 540, пункт 2 статьи 621 части второй Гражданского кодекса РФ.

------------------------------------------------------------------

2. Молчание не является акцептом, если иное не вытекает из закона, обычая делового оборота или из прежних деловых отношений сторон.

3. Совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора (отгрузка товаров, предоставление услуг, выполнение работ, уплата соответствующей суммы и т.п.) считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте.

Но молчание может являтся акцептом в случаях предусмотренных ст. 468, 540, 621 ГК РФ.