Правомерно ли исключение работы стажером в прокуратуре из срока начисления пенсии?

Судя по тексту вопроса, правомерно. Пенсия явно назначалась по указанному в п. а) ст. 13 основанию. А там учитывается только специальный (военный) стаж, в который, к сожалению, период работы в прокуратуре не входит. Не предусмотрены такие периоды в постановлении - Постановление Совета Министров - Правительства РФ от 22 сентября 1993 г. N 941

"О порядке исчисления выслуги лет, назначения и выплаты пенсий, компенсаций и пособий лицам, проходившим военную службу в качестве офицеров, прапорщиков, мичманов и военнослужащих сверхсрочной службы или по контракту в качестве солдат, матросов, сержантов и старшин либо службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы и их семьям в Российской Федерации"

(с изменениями от 31 марта 1994 г., 20 февраля, 14 марта, 26 июня, 20 ноября 1995 г., 3, 15 апреля, 1 мая, 31 октября 1996 г., 5 апреля, 31 октября 1999 г., 6 января, 22 февраля, 14 июля, 26 августа, 4, 15 сентября, 12 октября 2000 г., 31 июля 2001 г., 26 февраля, 18 апреля, 7 июня, 1 октября, 21 ноября 2002 г., 8 августа, 12 ноября 2003 г., 21 октября, 18 ноября, 31 декабря 2004 г., 14, 26, 30 декабря 2005 г., 14 марта, 7 мая, 13 августа, 4 ноября 2006 г., 18 августа, 1, 6 декабря 2007 г., 28 июля 2008 г.)

Закон РФ от 12 февраля 1993 г. N 4468-I

"О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу, службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семей"

(с изменениями от 28 ноября, 27 декабря 1995 г., 19 декабря 1997 г., 21 июля 1998 г., 1 июня 1999 г., 6 декабря 2000 г., 17 апреля, 30 декабря 2001 г., 10 января, 4 марта, 29 мая, 12, 30 июня, 25 июля 2002 г., 10 января, 30 июня 2003 г., 29 июня, 22 августа, 29 декабря 2004 г., 2 февраля, 21, 30 декабря 2006 г., 1, 3 декабря 2007 г., 13 февраля, 8 мая, 22 июля 2008 г.)

"

Статья 13. Условия, определяющие право на пенсию за выслугу лет

Право на пенсию за выслугу лет имеют:

а) лица, указанные в статье 1 настоящего Закона, имеющие на день увольнения со службы выслугу на военной службе и (или) на службе в органах внутренних дел, и (или) на службе в Государственной противопожарной службе, и (или) на службе в органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, и (или) на службе в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы 20 лет и более;

б) лица, указанные в статье 1 настоящего Закона, уволенные со службы по достижении предельного возраста пребывания на службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями и достигшие на день увольнения 45-летнего возраста, имеющие общий трудовой стаж 25 календарных лет и более, из которых не менее 12 лет шести месяцев составляет военная служба и (или) служба в органах внутренних дел, и (или) служба в Государственной противопожарной службе, и (или) служба в органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, и (или) служба в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы.

При определении права на пенсию за выслугу лет в соответствии с пунктом "б" части первой настоящей статьи в общий трудовой стаж включаются:

а) трудовой стаж, исчисляемый и подтверждаемый в порядке, который был установлен для назначения и перерасчета государственных пенсий до дня вступления в силу Федерального закона "О трудовых пенсиях в Российской Федерации";

б) страховой стаж, исчисляемый и подтверждаемый в порядке, который установлен для назначения и перерасчета трудовых пенсий Федеральным законом "О трудовых пенсиях в Российской Федерации".