С мужем едем в мурманск. У него там будет регистрация постоянная, но не прописка. Будут ли ему начисляться полярки?

Северная надбавка к заработной плате выплачивается не за проживание в РКС, а за стаж работы в условиях РКС. Если ранее в РКС не работал, через 6 мес. будет начислено 10%, далее постепенный рост % до размера, установленного в месте работы.

"будет регистрация постоянная, но не прописка" - не понятно что имеете в виду, т.к. прописки нет лет 20, вместо нее регистрация по месту жительства или по месту пребывания.