Один человек - учредитель, директор и гл.бухгалтер ООО МАЯК - как управляющему-индивидуальному предпринимателю платить налоги?

Для начала все необходимо разложить по полочкам. Это не Вы платите самому себе, а общество (юридическое лицо) платит индивидуальному предпринимателю, т.е. Вам. Юридические лица и индивидуальные предприниматели являются самостоятельными, не зависимыми друг от друга участниками гражданских отношений. И общество, и индивидуальный предприниматель подлежат государственной регистрации, с присвоением разных регистрационных номеров, и с обязанностью постановки на налоговый учет и того, и другого. Тот факт, что директор общества и индивидуальный предприниматель один и тот же гражданин, не означает (по крайней мере, с точки зрения закона), что деньги перекладываются из правого кармана в левый. У общества это расходы, у предпринимателя – доходы. Соответственно налогообложение осуществляется исходя из этого. Думаю, Вы, как ИП, знакомы с гл. 24 Налогового кодекса РФ и с обязанностями по представлению налоговых деклараций и уплаты налогов, которые она устанавливает. Если ИП получает доход от ЛЮБЫХ источников, то помимо обязанности по представлению деклараций, у него есть обязанность по уплате налога с полученных доходов. Если не хотите проблем с налоговыми органами, прислушайтесь к моим словам.