Естественно мы против того, чтобы в нашей квартире вели какие-то работы.

Чем конкретно нарушает ваши права установка козырька? Загораживает вид из окна или вам в стены штыри вбивают? Вообще стены дома являются общим имуществом собственников помещений в многоквартирном жилом доме, даже если эта стан находится над дверью аптеки ,поэтому вы вправе обратиться в суд с иском о демонтаже щита, т.к. общего собрания собственников помещений в доме не проводилось и оно не давало своего согласия на установку козырька на стены.

по поводу газовых труб - в законе нигде не сказано, что вы должны допускать, чтобы в вашей работе производились работы по разводке труб газоснабжения не сказано, в законе, а именно в Правилах предоставления коммунальных услуг гражданам, утв. Постановлением Правительства РФ от 23 мая 2007 г. в п. 50 сказано исполнитель имеет право: требовать допуска в заранее согласованное с потребителем время в занимаемое им жилое помещение работников или представителей исполнителя (в том числе работников аварийных служб) для осмотра технического и санитарного состояния внутриквартирного оборудования и выполнения необходимых ремонтных работ, а для ликвидации аварий - в любое время. Заметьте - именно ремонтных работ, ремонт подразумевает под собой восстановление работоспособности, в вашей же ситуации речь идёт не о ремоне, а об отводе газопровода, так что мое мнение - вы вправе не допускать каких-либо лиц в свое жильё для проведения отвода газопровода. Однако окончательное решение будет принимать суд, если конечно до нег одойдет дело. Вы можете подать не встречный иск, а подать самостоятелно отдельный иск (по поводу козырька) и разбираться он будет не вместе с иском аптеки к вам, а в отдельном производстве (проще говоря в отдельных судебных заседаниях и будет отдельное решение).