В данном случае если компания востановится не в скором времени, будут ли потом с меня взыматься пени?

Не должны. Будет просрочка кредитора. Но все-таки лучше заплатить, через нотариуса.

ГК РФ.

"Статья 406. Просрочка кредитора

1. Кредитор считается просрочившим, если он отказался принять предложенное должником надлежащее исполнение или не совершил действий, предусмотренных законом, иными правовыми актами или договором либо вытекающих из обычаев делового оборота или из существа обязательства, до совершения которых должник не мог исполнить своего обязательства.

Кредитор считается просрочившим также в случаях, указанных в пункте 2 статьи 408 настоящего Кодекса.

2. Просрочка кредитора дает должнику право на возмещение причиненных просрочкой убытков, если кредитор не докажет, что просрочка произошла по обстоятельствам, за которые ни он сам, ни те лица, на которых в силу закона, иных правовых актов или поручения кредитора было возложено принятие исполнения, не отвечают.

3. По денежному обязательству должник не обязан платить проценты за время просрочки кредитора.

Статья 327. Исполнение обязательства внесением долга в депозит

1. Должник вправе внести причитающиеся с него деньги или ценные бумаги в депозит нотариуса, а в случаях, установленных законом, в депозит суда - если обязательство не может быть исполнено должником вследствие:

1) отсутствия кредитора или лица, уполномоченного им принять исполнение, в месте, где обязательство должно быть исполнено;

2) недееспособности кредитора и отсутствия у него представителя;

3) очевидного отсутствия определенности по поводу того, кто является кредитором по обязательству, в частности в связи со спором по этому поводу между кредитором и другими лицами;

4) уклонения кредитора от принятия исполнения или иной просрочки с его стороны.

2. Внесение денежной суммы или ценных бумаг в депозит нотариуса или суда считается исполнением обязательства.

Нотариус или суд, в депозит которого внесены деньги или ценные бумаги, извещает об этом кредитора".