Проблема задвоения платежей - права и ответственность ООО по оказанию транспортных услуг

Я представляю ООО по оказанию транспортных услуг. Работаю в основном с одним клиентом, несколько лет. Периодичность - каждый рабочий день 5-15 машин в день. Клиент при тестировании новой программы обнаружил, что в течение долгого времени некоторые рейсы в документах на оплату подавались в задвоенном виде. То есть одни и те же рейсы участвуют в разных счетах к оплате дважды. Ситуация неоднозначная, так как со своей стороны мы отправляли на оплату, взяв данные из реестра, который нам присылал сотрудник Клиента. Тщательной сверкой, к сожалению, не занимались ни сотрудник Клиента, ни мы. Бухгалтерия Клиента пропускала оплату, никаких нареканий не было. При большом объеме работы акцент на номерах рейсов мы не делали, так как внутренняя нумерация рейсов у Клиента одна, у меня другая. Сотрудника, отправлявшего мне реестры на оплату, уволили. Нам заморозили оплату услуг без письма или уведомления. Меня ждут с этим уведомлением, в котором указана сумма переплаты. Требуют мою подпись, что это уведомление получено. Имею право отказаться от подписи? Машины продолжают заказывать. Договор, действующий в течение прошлого года (в тот период, когда и проходили переплаты), на руках только у меня - оригинал. У Клиента он только в варианте копии. Имею ли я право уведомить о своем отказе предоставлять транспорт до выяснения обстоятельств и получения оплаты по уже выставленным счетам? Имеет ли право Клиент требовать переплату, в том числе в счет оказания услуг, которые производятся сейчас? Очевидна ли моя вина в задвоении платежей?