Подскажите что значит увольнение по соглашению сторон и подскажите как быть в подобной ситуации?

Добрый вечер! Небольшая предыстория- устроился работать товароведом на start up проекта по открытию сети магазинов фермерских ЭКО продуктов. С трудовым договором на оклад в 17500 (белая), остальное конверт, сумма которого обговаривалась в устной форме с ген. директором... Согласился потому как уже продолжительное время искал работу, да и платить обещали исправно. В итоге вляпался к своим 30 годам, как мальчик... Если подробнее- то, более 50% заработной платы- серая, отработав 1,5 мес заплатили только официальную часть за апрель, остаток долга за работодателем около 40 тыс руб из них остаток официальной за май- тысяч 7-8, остальное серая... 15 мая имел место быть конфликт с работодателем в ходе которого я отказался выполнять работу грузчика, который отсутствовал в этот день на рабочем месте. В процессе словесной перепалки работодателем было предложено мне уволиться по собственному желанию как не прошедшему испытательный срок. ген. директор по телефону в устной форме сказала мне чтоб отдал рабочий телефон, ключи от складов и ноутбук бухгалтеру и могу быть свободен до вторника 19 мая. Я написал заявление на увольнение, которое отдал бухгалтеру вместе со всеми прочими документами (списания, перемещения, приходные накладные и др.)но оно загадочным образом не нашло своего адресата в лице ген.директора, испарилось, его никто не видел и не знает о нем. На мое предложение написать новое заявление- ответили отказом. Теперь вынудили написать заявление на отпуск за свой счет сроком на 6 дней до 25 мая с последующим увольнением по соглашению сторон, хотя, еще раз повторю- по предварительной устной договоренности с ген. директором 15 мая- должны были рассчитать и отдать трудовую 19 мая. В итоге еще и объяснительную писал почему отсутствовал на работе 18 и 19 мая... Теперь, со дня моего отсутствия началась глобальная инвентаризация и работодатель явно мне дает понять, что не прочь многое на меня повесить (есть 56 минутная запись на диктофон в телефоне от 19 мая) 1.Подскажите пожалуйста, если я будучи товароведом, подписывал индивидуальную мат. ответственность, находясь на испытательном сроке, но не присутствую на инвентаризации, не ознакомлен с приказом о проведении инвентаризации (его просто не было даже), и не уведомлен о ее итогах, могут ли с меня удержать з/п и привязать ко мне какую- либо недостачу? Понятно, что теперь о выплате серой заработной плате и речи не идет- теперь бы не остаться должным и забрать трудовую, которую мне никто не вернул. 2.Подскажите что значит увольнение по соглашению сторон и подскажите как быть в подобной ситуации?