Может ли она передавать часть этого помещения благотворительному фонду на безвозмездной основе?

Да, может с согласия арендодателя. Что касается налога на прибыль, то объектом данного налога является доход, уменьшенный на сумму расходов (ст. 247 НК). К доходам относятся доходы от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), внереализационные доходы. В состав внереализационных доходов входит доход в виде безвозмездно полученного имущества (работ, услуг, имущественных прав) (ст. 250 НК).Обращаясь к ст. 39 НК (общая часть) под «реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем признается соответственно передача на возмездной основе (в том числе обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу - на безвозмездной основе».Следовательно, считаю, что в данной ситуации нет реализации, т.к. нет возмездности, нет перехода права собственности, а, значит, и не возникло объекта налогооблажения (дохода от реализации) налогом на прибыль.