Покупка ворованного телефона - следуйте указаниям полиции или обращайтесь в магазин?

Вы, конечно, имеете право предъявить претензию магазину, но деньги Вам в ряд ли возможно будет вернуть. После разбирательства по уголовному делу телефон вернуть законному владельцу, а не Вам.:

Если имущество возмездно приобретено у лица, которое не имело права его отчуждать, о чем приобретатель не знал и не мог знать (добросовестный приобретатель), то собственник вправе истребовать это имущество от приобретателя в случае, когда имущество утеряно собственником или лицом, которому имущество было передано собственником во владение, либо похищено у того или другого, либо выбыло из их владения иным путем помимо их воли (ст. 302 ГК РФ)

При этом Вы как добросовестный приобрететель вправе в последующем требовать от самого собственника:

возмещения произведенных им необходимых затрат на имущество (прошивка, дополнительное ПО)

Добросовестный владелец вправе оставить за собой произведенные им улучшения, если они могут быть отделены без повреждения имущества. Если такое отделение улучшений невозможно, добросовестный владелец имеет право требовать возмещения произведенных на улучшение затрат, но не свыше размера увеличения стоимости имущества.

А после разбирательства по уголовному делу, когда выяснятся обстоятельства, почему и как в интернет магазин попал ворованный телевфн, предъявляйте иск о возврате уплаченных сумм виновнику.