Через 2 недели, в день, когда меня должны были рассчитать, мне звонит начальник и предлагает остаться.

Доброго времени суток! У меня правовой вопрос по интеллектуальной собственности и патентам. Опишу ситуацию. Хотел, конечно, вкратце, но - увы, извиняюсь заранее за длинное вступление, но, думаю, оно очень важное для понимания картины. Я программист, работаю в университете с 2003 года. На протяжении 10-11 лет я в свободное время создавал свой программный продукт. Мой начальник по университету выступал в роли заказчика. В 2007 году появилась первая версия. В 2011 году тремя лицами (Я, мой начальник и университет) была организована компания, ООО, назовем ее A. УК в этой компании был разделен примерно равными долями: 32%, 33%, 35%. Мой начальник - гендиректор, Я - технический директор. В этой компании я зарегистрировал несколько вариантов своих программ, получил в Роспатенте свидетельства на ПрЭВМ. Авторы - я и мой начальник. Правообладатель - компания. Весной 2013 деньги в компании кончились и начальник предложил мне пойти в неоплачиваемый отпуск, на пару месяцев. С тех пор я и отдыхаю. В середине 2014 года начальник нашел инвестора, который готов был финансировать наши разработки, но у него было дополнительное условие: необходимо организовать новую компанию Б и внести в ее УК новые патенты. В принципе, все логично: инвестор получает свои 18% УК и платит свои 5-10 млн. на зарплаты. Проблема возникла сразу, т.к. начальник решил, что возьмет себе в этой компании контрольный пакет: 51-52%. Некоторое время мы спорили, что важнее, амбиции начальства или мои технологии, т.к. инвестор выставил условия относительно патентования в рамках новой компании именно этих технологий, а я предлагал всего лишь поделить все пополам. В итоге - ни к чему не пришли: на его условиях я отказался принимать участие в этой кампании. Новую компанию Б он открыл сам, на свою маму, добавил жену, вобщем - семейный подряд. Инвестору он пообещал внести в УК какие-то свои ноу-хау. ЗП в университете всегда была небольшой, а у меня кредит, семья, ребенок. В конце 2014 я уже искал более оплачиваемую работу. А тут начальник предлагает мне договор на работу в своей новой компании Б. Из договора следует, что все мои наработки (с весны 2013), которые я продолжу в его компании автоматически перейдут в собственность компании Б. Меня это совсем расстроило. Я пообщался с юристом и решил уйти из университета. Написал заявление, попрощался с начальником (без скандала, просто сослался на усталость). Через 2 недели, в день, когда меня должны были рассчитать, мне звонит начальник и предлагает остаться. У меня помимо программирования в университете за эти годы собрался парк высокотехнологичной техники (кластеры, серверы). Начальник просил остаться последить за техникой, пока он не найдет достойного кандидата на ее сопровождение. Причем, он не будет при этом требовать от меня находиться ежедневно на своем рабочем месте. Конечно, в моей ситуации - выгодное предложение, тем более, что за всей техникой я мог следить удаленно, через интернет. Я согласился, забрал заявление и устроился еще на одну работу. Периодически ездил в университет, решал насущные проблемы с техникой. На днях мне звонит начальник и сообщает о том, что все хоз. общества при университетах обязали повысить УК до 500 т.р., поэтому для нашей компании A на данный момент есть только 2 выхода: либо он ее закрывает, либо я продаю ему в ней свои 32% УК и он сам вкладывает эти 500 т.р. Конечно, я понимаю, что ни кто не будет требовать повысить УК бездоходной компании до 500 т.р. Я так же знаю, что начальник в своей новой компании Б активно использует мое ПО (запатентованное на компанию А) для выбивания грантов и пытается клонировать это ПО (у него есть свой штат программистов). У меня вопрос: что я могу сделать в такой ситуации? Продавать свою долю я не хочу, т.к. единственная ценность компании А - это мое ПО, зарегистрированное на нее. Правильно ли я понимаю, что даже если закроется компания А, то все наши патенты в ней будут распределены между ее соучредителями согласно долям УК, которые они в ней имеют? Если так, то что я должен предпринимать, какие документы требовать, какие-куда подавать, чтобы не потерять контроль над своими патентами?