Кому подчиняются сотрудники, у которых нет непосредственного начальника отдела?

Определять подчиненность работника следует исходя из должностной инсрукции, работника, либо других локальных нормативных актов организации. Законодательством не закреплены правила определения подчиненности работников. Это делает руководитель организации (ст. 22 Трудового кодекса РФ). Трудовой кодекс РФ не содержит нормы об обязательности должностной инструкции. По общему правилу работники подчиняются непосредственно руководителю. Поэтому Вам лучше обратиться к руководителю, чтобы он определил кому кто подчиняется.