Как в таком случае начислять компенсацию за неиспользованный отпуск, и вообще начислять ли ее?

Начисляется. Увольнение есть прекращение трудового договора. Именно за отработанное время и начисляется.

ТК РФ.

"Статья 127. Реализация права на отпуск при увольнении работника

При увольнении работнику выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные отпуска".

Правила об очередных и дополнительных отпусках

(утв. Народным Комиссариатом Труда СССР 30 апреля 1930 г. N 169)

(Изданы на основании постановления СНК СССР от 2 февраля 1930 г. - протокол N 5/331, п. 28.1)

(с изменениями от 13 августа, 14 декабря 1930 г., 19, 31 января 1931 г., 22 октября 1942 г., 6 декабря 1956 г., 21 марта 1961 г., 29 декабря 1962 г., 3 марта 2005 г.)

"28. При увольнении работника, не использовавшего своего права на отпуск, ему выплачивается компенсация за неиспользованный отпуск.

При этом увольняемые по каким бы то ни было причинам работники, проработавшие у данного нанимателя не менее 11 месяцев, подлежащих зачету в срок работы, дающий право на отпуск, - получают полную компенсацию.

Полную компенсацию получают также работники, проработавшие от 5 1/2 до 11 месяцев, если они увольняются вследствие:

а) ликвидации предприятия или учреждения или отдельных частей его, сокращения штатов или работ, а также реорганизации или временной приостановки работ;

б) поступления на действительную военную службу;

в) командирования в установленном порядке в вузы, техникумы, на рабфаки, на подготовительные отделения при вузах и на курсы по подготовке в вузы и на рабфаки;

г) переброски на другую работу по предложению органов труда или состоящих при них комиссий, а также партийных, комсомольских и профессиональных организаций;

д) выяснившейся непригодности к работе.

Во всех остальных случаях работники получают пропорциональную компенсацию. Таким образом пропорциональную компенсацию получают работники, проработавшие от 5 1/2 до 11 месяцев, если они увольняются по каким-либо другим причинам, кроме указанных выше (в том числе по собственному желанию), а также все работники, проработавшие менее 5 1/2 месяцев, независимо от причин увольнения.

33. В случае смерти работника компенсация за отпуск выплачивается на общих основаниях".