Судебный протокол является доказательством отказа в заявлении о снижении неустойки и может быть основанием для отмены решения суда первой инстанции.

Судья здесь неправ ходатайства можно заявлять до стадии-прения сторон

Согласно ст64 АПК РФ протокол будет являться доказательством.,а согласно ст270 АПК РФ указанное вами обстоятельство будет основанием для отмены

Статья 64. Доказательства

[Арбитражный процессуальный кодекс РФ] [Глава 7] [Статья 64]

1. Доказательствами по делу являются полученные в предусмотренном настоящим Кодексом и другими федеральными законами порядке сведения о фактах, на основании которых арбитражный суд устанавливает наличие или отсутствие обстоятельств, обосновывающих требования и возражения лиц, участвующих в деле, а также иные обстоятельства, имеющие значение для правильного рассмотрения дела.

2. В качестве доказательств допускаются письменные и вещественные доказательства, объяснения лиц, участвующих в деле, заключения экспертов, консультации специалистов, показания свидетелей, аудио- и видеозаписи, иные документы и материалы.

В качестве доказательств допускаются объяснения лиц, участвующих в деле, и иных участников арбитражного процесса, полученные путем использования систем видеоконференц-связи.

Статья 270. Основания для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции

1. Основаниями для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции являются:

1) неполное выяснение обстоятельств, имеющих значение для дела;

2) недоказанность имеющих значение для дела обстоятельств, которые суд считал установленными;

3) несоответствие выводов, изложенных в решении, обстоятельствам дела;

4) нарушение или неправильное применение норм материального права или норм процессуального права.

2. Неправильным применением норм материального права является:

1) неприменение закона, подлежащего применению;

2) применение закона, не подлежащего применению;

3) неправильное истолкование закона.

3. Нарушение или неправильное применение норм процессуального права является основанием для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции, если это нарушение привело или могло привести к принятию неправильного решения.

4. Основаниями для отмены решения арбитражного суда первой инстанции в любом случае являются:

1) рассмотрение дела арбитражным судом в незаконном составе;

2) рассмотрение дела в отсутствие кого-либо из участвующих в деле лиц, не извещенных надлежащим образом о времени и месте судебного заседания;

3) нарушение правил о языке при рассмотрении дела;

4) принятие судом решения о правах и об обязанностях лиц, не привлеченных к участию в деле;

5) неподписание решения судьей или одним из судей, если дело рассмотрено в коллегиальном составе судей, либо подписание решения не теми судьями, которые указаны в решении;

6) отсутствие в деле протокола судебного заседания или подписание его не теми лицами, которые указаны в статье 155 настоящего Кодекса;

7) нарушение правила о тайне совещания судей при принятии решения.