Можно ли договориться с работодателем не писать в трудовую книжку увольнение за прогул?

Возможно..

Статья 80 Трудового кодекса Российской Федерации. Расторжение трудового договора по инициативе работника (по собственному желанию) В последний день работы работодатель обязан выдать работнику трудовую книжку, другие документы, связанные с работой, по письменному заявлению работника и произвести с ним окончательный расчет. Статья 234 Трудового кодекса Российской Федерации. Обязанность работодателя возместить работнику материальный ущерб, причиненный в результате незаконного лишения его возможности трудиться Работодатель обязан возместить работнику не полученный им заработок во всех случаях незаконного лишения его возможности трудиться. Такая обязанность, в частности, наступает, если заработок не получен в результате: незаконного отстранения работника от работы, его увольнения или перевода на другую работу; отказа работодателя от исполнения или несвоевременного исполнения решения органа по рассмотрению трудовых споров или государственного правового инспектора труда о восстановлении работника на прежней работе; задержки работодателем выдачи работнику трудовой книжки, внесения в трудовую книжку неправильной или не соответствующей законодательству формулировки причины увольнения работника.