Если он во время каникул будет работать по трудовой книжке сохранится ли ему пенсия?

Да, сохранится. Согласно ст. 9 Закона о трудовых пенсиях, право на трудовую пенсию по случаю потери кормильца имеют нетрудоспособные члены семьи умершего кормильца, состоявшие на его иждивении, которыми, в частности, признаются дети умершего кормильца, не достигшие возраста 18 лет, а также дети умершего кормильца, обучающиеся по очной форме в образовательных учреждениях всех типов и видов независимо от их организационно-правовой формы, за исключением образовательных учреждений дополнительного образования, до окончания ими такого обучения, но не дольше чем до достижения ими возраста 23 лет.

Как видите, с фактом трудовой деятельности право на получение пенсии по СПК закон в данном случае не связывает. Поэтому в случае работы сына на его пенсии по СПК это не отразится.